Aplicaciones

Software	Área	Subárea	Instalado en	¿Quiénes pueden usarlo?	Comentarios
AbInit	Química	Estructura electrónica	Yoltla	Todos los usuarios	Cálculo de la energía total, densidad de carga y la estructura electrónica de sistemas de electrones y núcleos usando DFT con pseudopotenciales y planewaves o wavelets. También incluye opciones para optimizar la geometría de acuerdo con las fuerzas de DFT y tensiones, o para realizar simulaciones de dinámica molecular utilizando estas fuerzas, o para generar matrices dinámicas, cargos efectivos Born y tensores dieléctricos, basado en DFPT.
Amsterdam Density Functional (ADF)	Química	Materiales	Miztli	Académicos de la entidad sede	Métodos DFT y semiempíricos para simulación de sistemas atómicos y electrónicos.
Amber	Bioquímica	Dinámica molecular	Miztli	Académicos de la entidad sede	Conjunto de programas para simulación molecular, orientado a biomoléculas.
Augustus	Genómica	Predicción de genes	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Predicción de genes en secuencias ADN eucariotas.
Bamtools	Genómica	Alineamiento de secuencias	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Herramientas para la manipulación de archivos BAM.
Beagle	Herramientas de programación	Bibliotecas numéricas	Miztli Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Biblioteca para cálculos bayesianos y de máxima probabilidad.
BioNetGen	Biofísica	Modelación molecular	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Herramientas para modelación molecular.
Blitz++	Herramientas de programación	Bibliotecas numéricas	Miztli	Todos los usuarios	Es una biblioteca de clases para cómputo científico que proporciona rendimientos similares con Fortran 77/90. Utiliza plantillas par lograr alto rendimiento. Blitz++ proporciona matrices y vectores densos, generadores de números aleatorios y vectores pequeños.
Bowtie	Genómica	Alineamiento de secuencias	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Alineamiento de secuencias cortas.
bwa	Genómica	Alineamiento de secuencias	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Mapeo de secuencias de DNA contra genomas.
cfitsio	Herramientas de programación	Bibliotecas para manejo de archivos	Miztli	Todos los usuarios	Funciones de C y Fortran para manipular archivos en el formato FITS.
Compiladores Intel	Herramientas de programación	Compiladores	Miztli Yoltla	Todos los usuarios	Esta suite de compiladores ofrece soporte para lenguaje C, C++ y Fotran. Incluye funciones de optimización, bibliotecas altamente optimizadas, comprobación de errores, seguridad y herramientas de creación de perfiles.
Compiladores GNU	Herramientas de programación	Compiladores	Miztli	Todos los usuarios	La colección de compiladores de GNU que incluye interfaces para C, C++ y Fotran.
Comsol	Física	Modelación	Yoltla	Usuarios con licencia	Modelación de una gran diversidad de sistemas físicos.
Demon	Química	Química cuántica	Xiuhcoatl	Usuarios con licencia	Cálculos DFT mediante una combinación de LCGTO.
fastQC	Genómica	Análisis de secuencias	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Revisión de la calidad de una secuencia de ADN adquirida mediante secuenciadores de alto desempeño.
fastuniq	Genómica	Alineamiento de secuencias	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Herramienta para la remoción de duplicados en aparamientos de secuencias cortas de ADN.
FFTW	Herramientas de programación	Bibliotecas numéricas	Miztli Yoltla	Todos los usuarios	Biblioteca de subrutinas en C para el cálculo de la transformada de Fourier discreta en una o más dimensiones para datos reales o complejos.
EISPACK	Herramientas de programación	Bibliotecas numéricas	Miztli	Todos los usuarios	Es una biblioteca de subrutinas en Fortran que calcula los valores y vectores propios de nueve clases de matrices: Compleja general, Compleja Hermitiana, Real general, Real simétrica, Real simétrica bandada, Real simétrica tridiagonal, Real especial tridiagonal, Real generalizada, Real generalizada simétrica. Además, incluye dos rutinas para el uso de descomposición de valor singular para problemas de mínimos cuadrados.
EPW	Química	Cuántica	Miztli	Todos los usuarios	Cálculos de propiedades relacionadas con la interacción electrón-fotón usando DFPT y MLWF.
Exciting	Química	Materiales	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Cálculos DFT con todos los electrones y todos los potenciales.
GAMESS	Química	Cuántica	Miztli Yoltla Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Es un programa para química molecular cuántica. Puede calcular funciones de onda SCF desde RHF, ROHF, UHF, GVB y MCSF.
Gpaw	Química	Cuántica	Yoltla	Todos los usuarios	Código en python para cálculos DFT, basados en el método PAW y el ambiente de simulación atomística ASE.
GAUSSIAN	Química	Cuántica	Miztli Yoltla Xiuhcoatl	Académicos de la entidad sede	Software comercial de uso en química teórica, resuelve la ecuación de Schrödinger molecular basándose en la teoría de orbitales moleculares.
GROMACS	Bioquímica	Dinámica molecular	Miztli Yoltla Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Programa de simulación de dinámica molecular, que utiliza ecuaciones newtonianas. Está diseñado principalmente para moléculas bioquímicas que implican una gran cantidad de iteraciones y enlaces complejos.
IDL	Propósito general	Análisis y visualización de datos	Miztli	Todos los usuarios	Análisis y visualización de datos.
HDF5	Herramientas de programación	Bibliotecas para manejo de archivos	Miztli Yoltla	Todos los usuarios	Bibliotecas para manejo de datos científicos. Puede almacenar dos objetos principales: conjunto de datos y grupos. Un conjunto de datos es esencialmente una matriz multidimensional. Un grupo es una estructura para organizar objetos en un archivo HDF5. Mediante el uso de estos dos objetos básicos, se puede crear y almacenar cualquier tipo de dato científico.
lammps	Biofísica	Dinámica molecular	Miztli	Todos los usuarios	Código de dinámica molecular con potenciales para metales, semiconductores, polímeros y biomoléculas.
magma	Herramientas de programación	Bibliotecas numéricas	Miztli	Todos los usuarios	Funciones de álgebra lineal densa, optimizadas para GPUs.
Materials Studio	Química	Materiales	Miztli	Usuarios con licencia	Entorno de modelado y simulación en el área de materiales. Combina métodos tales como Mecánica Molecular (MM), Dinámica Molecular (DM), Mecánica Cuántica (QM) y modelado en mesoescala en un entorno fácil de usar.
Matlab	Propósito general	Modelación	Xiuhcoatl	Usuarios con licencia	Herramienta para el desarrollo de modelos matemáticos/computacionales.
MKL	Herramientas de programación	Bibliotecas numéricas	Miztli	Todos los usuarios	Bibliotecas con rutinas matemáticas optimizadas para procesadores Intel. Incluyen funciones de BLAS, LAPACK, ScaLAPACK, transformada de Fourier y operaciones con vectores.
MPI Intel	Herramientas de programación	MPI	Miztli Yoltla	Todos los usuarios	Intel MPI es una implementación de MPI basada en MPICH2.
Mocat	Genómica	Metagenómica	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Herramientas para el análisis de bases de datos metagenómicas.
Molpro	Química	Cuántica	Miztli	Usuarios con licencia	Programa para cálculos ab initio de estructuras moleculares. Es adecuado para realizar cálculos computacionales de alta precisión con un tratamiento extensivo del problema de la correlación electrónica, utilizando métodos con Iteración de Configuraciones (IC), Coplued Cluster (CC) y métodos relacionados. Utiliza métodos de correlación local que reducen considerablemente el aumento del costo computacional al aumentar el tamaño de la molécula.
Mr. Bayes	Genómica	Filogenética	Miztli	Todos los usuarios	Estudios de filogenética y evolución mediante métodos bayesianos, cadenas de Markov y métodos Montecarlo.
NAMD	Bioquímica	Dinámica molecular	Miztli Yoltla Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Código paralelo para dinámica molecular diseñado para simulaciones de alto rendimiento de grandes sistemas biomoleculares. Basado en objetos paralelos Charm++, NAMD escala a cientos de núcleos para un simulación típica y más de 200, 000 para simulaciones grandes.
NCO	Geociencias	Ciencias atmosféricas	Miztli	Todos los usuarios	Conjunto de herramientas para la manipulación interactiva de conjuntos de archivos en diversos formatos comúnmente usados en predicciones climáticas.
Newbler	Genómica	Alineamiento de secuencias	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Herramienta para el ensamblaje de secuencias de ADN.
NWCHEM	Química	Cuántica	Miztli Yoltla Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Proporciona herramientas de química computacional que son escalables tanto en el tamaño de los sistemas químicos como en la cantidad de procesadores que pueden usarse.
NetCDF	Herramientas de programación	Bibliotecas numéricas	Miztli	Todos los usuarios	NetCDF (network Common Data form) es un interfaz para acceso a datos y una colección de bibliotecas de software par C, Fortran, C++ y Perl que implementan la interfaz. NetCDF define un formato para la representación de datos científicos independiente de la máquina. Juntos, interfaz, bibliotecas y formato de datos, ayudan a la creación, acceso e intercambio de datos científicos.
Octave	Propósito general	Modelación	Xiuhcoatl	Usuarios con licencia	Herramienta para el desarrollo de modelos matemáticos/computacionales.
Onetep	Química	Cuántica	Yoltla	Usuarios con licencia	Cálculos de mecánica cuántica usando DFT, que escalan linealmente.
Orca	Química	Cuántica	Miztli Yoltla Xiuhcoatl	Usuarios con licencia	Herramientas para cálculos de química cuántica con énfasis en propiedades espectroscópicas de moléculas.
Parallel-netcdf	Herramientas de programación	Bibliotecas para manejo de archivos	Miztli	Todos los usuarios	Implementación de I/O en paralelo de los formatos NetCDF 1 y 2.
q-chem	Química	Cuántica	Miztli	Todos los usuarios	Cálculos ab initio para predicción de estructuras moleculares, reactividad y vibracionales.
QIIME	Genómica	Microbiomas	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Herramienta para cálculos en diversas etapas del análisis de microbiomas.
Quantum Espresso	Química	Estado sólido	Miztli Yoltla Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Es un conjunto de rutinas para cálculos de estructura electrónica y modelado de materiales a escala nanométrica. Está basada en la teoría funcional de la densidad, ondas planas y pseudopotenciales.
RapidMiner	Propósito general	Análisis de datos	Xiuhcoatl	Usuarios con licencia	Herramientas para el análisis y procesamiento de datos.
Schrodinger (jaguar, qsite, desmond)	Química	Materiales	Miztli	Usuarios con licencia	Conjunto de programas para estudio de materiales y fármacos mediante métodos QM/MM.
SIESTA	Química	Materiales	Miztli Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Permite realizar cálculos de estructura electrónica y simulaciones de dinámica molecular ab initio de moléculas y sólidos.
ThreeB	Imagenología	Microscopía	Miztli	Todos los usuarios	Software para microscopía 3B.
TopHat	Genómica	Alineamiento de secuencias	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Alineamiento de secuencias de RNA contra genomas mamíferos.
Totalview	Herramientas de programación	Depurador	Miztli	Todos los usuarios	Es un depurador altamente escalable que provee soluciones para una amplia variedad de aplicaciones; seriales, paralelas, multihebra y multiproceso. También contiene herramientas para análisis de memoria.
Trimmomatic	Genómica	Análisis de secuencias	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Detección de “trimmings” en datos NGS.
Turbomole	Química	Cuántica	Miztli	Usuarios con licencia	Es un paquete de aplicaciones de química cuántica para áreas diversas como la catásis homogénea y heterogénea, química orgánica e inorgánica, diversos tipos de espectroscopia y bioquímica, entre otros.
VASP	Química	Cuántica	Yoltla	Usuarios con licencia	Modelado de materiales a escala atómica, así como cálculos ab initio de estructura electrónica y dinámica molecular.
Velvet	Genómica	Ensamblaje de secuencias	Xiuhcoatl	Todos los usuarios	Ensamblaje de secuencias muy cortas.
WIEN2K	Química	Cuántica	Miztli Yoltla	Usuarios con licencia	Realiza cálculos de estructura electrónica de sólidos mediante el uso de teoría funcional de la densidad (DFT). Basado en el potencial-total (linealizado) aumentado onda plana ((L)PAW) + el método de orbitales locales (lo), uno de los esquemas más precisos para cálculos de estructuras banda.
YAEHMOP	Química	Cuántica	Miztli	Todos los usuarios	Conjunto de programas para la realización de cálculos con HMO.