Aplicaciones
Software | Área | Subárea | Instalado en | ¿Quiénes pueden usarlo? | Comentarios |
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AbInit | Química | Estructura electrónica | Yoltla | Todos los usuarios | Cálculo de la energía total, densidad de carga y la estructura electrónica de sistemas de electrones y núcleos usando DFT con pseudopotenciales y planewaves o wavelets. También incluye opciones para optimizar la geometría de acuerdo con las fuerzas de DFT y tensiones, o para realizar simulaciones de dinámica molecular utilizando estas fuerzas, o para generar matrices dinámicas, cargos efectivos Born y tensores dieléctricos, basado en DFPT. |
Amsterdam Density Functional (ADF) | Química | Materiales | Miztli | Académicos de la entidad sede | Métodos DFT y semiempíricos para simulación de sistemas atómicos y electrónicos. |
Amber | Bioquímica | Dinámica molecular | Miztli | Académicos de la entidad sede | Conjunto de programas para simulación molecular, orientado a biomoléculas. |
Augustus | Genómica | Predicción de genes | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Predicción de genes en secuencias ADN eucariotas. |
Bamtools | Genómica | Alineamiento de secuencias | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Herramientas para la manipulación de archivos BAM. |
Beagle | Herramientas de programación | Bibliotecas numéricas | Miztli Xiuhcoatl |
Todos los usuarios | Biblioteca para cálculos bayesianos y de máxima probabilidad. |
BioNetGen | Biofísica | Modelación molecular | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Herramientas para modelación molecular. |
Blitz++ | Herramientas de programación | Bibliotecas numéricas | Miztli | Todos los usuarios | Es una biblioteca de clases para cómputo científico que proporciona rendimientos similares con Fortran 77/90. Utiliza plantillas par lograr alto rendimiento. Blitz++ proporciona matrices y vectores densos, generadores de números aleatorios y vectores pequeños. |
Bowtie | Genómica | Alineamiento de secuencias | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Alineamiento de secuencias cortas. |
bwa | Genómica | Alineamiento de secuencias | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Mapeo de secuencias de DNA contra genomas. |
cfitsio | Herramientas de programación | Bibliotecas para manejo de archivos | Miztli | Todos los usuarios | Funciones de C y Fortran para manipular archivos en el formato FITS. |
Compiladores Intel | Herramientas de programación | Compiladores | Miztli Yoltla |
Todos los usuarios | Esta suite de compiladores ofrece soporte para lenguaje C, C++ y Fotran. Incluye funciones de optimización, bibliotecas altamente optimizadas, comprobación de errores, seguridad y herramientas de creación de perfiles. |
Compiladores GNU | Herramientas de programación | Compiladores | Miztli | Todos los usuarios | La colección de compiladores de GNU que incluye interfaces para C, C++ y Fotran. |
Comsol | Física | Modelación | Yoltla | Usuarios con licencia | Modelación de una gran diversidad de sistemas físicos. |
Demon | Química | Química cuántica | Xiuhcoatl | Usuarios con licencia | Cálculos DFT mediante una combinación de LCGTO. |
fastQC | Genómica | Análisis de secuencias | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Revisión de la calidad de una secuencia de ADN adquirida mediante secuenciadores de alto desempeño. |
fastuniq | Genómica | Alineamiento de secuencias | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Herramienta para la remoción de duplicados en aparamientos de secuencias cortas de ADN. |
FFTW | Herramientas de programación | Bibliotecas numéricas | Miztli Yoltla |
Todos los usuarios | Biblioteca de subrutinas en C para el cálculo de la transformada de Fourier discreta en una o más dimensiones para datos reales o complejos. |
EISPACK | Herramientas de programación | Bibliotecas numéricas | Miztli | Todos los usuarios | Es una biblioteca de subrutinas en Fortran que calcula los valores y vectores propios de nueve clases de matrices: Compleja general, Compleja Hermitiana, Real general, Real simétrica, Real simétrica bandada, Real simétrica tridiagonal, Real especial tridiagonal, Real generalizada, Real generalizada simétrica. Además, incluye dos rutinas para el uso de descomposición de valor singular para problemas de mínimos cuadrados. |
EPW | Química | Cuántica | Miztli | Todos los usuarios | Cálculos de propiedades relacionadas con la interacción electrón-fotón usando DFPT y MLWF. |
Exciting | Química | Materiales | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Cálculos DFT con todos los electrones y todos los potenciales. |
GAMESS | Química | Cuántica | Miztli Yoltla Xiuhcoatl |
Todos los usuarios | Es un programa para química molecular cuántica. Puede calcular funciones de onda SCF desde RHF, ROHF, UHF, GVB y MCSF. |
Gpaw | Química | Cuántica | Yoltla | Todos los usuarios | Código en python para cálculos DFT, basados en el método PAW y el ambiente de simulación atomística ASE. |
GAUSSIAN | Química | Cuántica | Miztli Yoltla Xiuhcoatl |
Académicos de la entidad sede | Software comercial de uso en química teórica, resuelve la ecuación de Schrödinger molecular basándose en la teoría de orbitales moleculares. |
GROMACS | Bioquímica | Dinámica molecular | Miztli Yoltla Xiuhcoatl |
Todos los usuarios | Programa de simulación de dinámica molecular, que utiliza ecuaciones newtonianas. Está diseñado principalmente para moléculas bioquímicas que implican una gran cantidad de iteraciones y enlaces complejos. |
IDL | Propósito general | Análisis y visualización de datos | Miztli | Todos los usuarios | Análisis y visualización de datos. |
HDF5 | Herramientas de programación | Bibliotecas para manejo de archivos | Miztli Yoltla |
Todos los usuarios | Bibliotecas para manejo de datos científicos. Puede almacenar dos objetos principales: conjunto de datos y grupos. Un conjunto de datos es esencialmente una matriz multidimensional. Un grupo es una estructura para organizar objetos en un archivo HDF5. Mediante el uso de estos dos objetos básicos, se puede crear y almacenar cualquier tipo de dato científico. |
lammps | Biofísica | Dinámica molecular | Miztli | Todos los usuarios | Código de dinámica molecular con potenciales para metales, semiconductores, polímeros y biomoléculas. |
magma | Herramientas de programación | Bibliotecas numéricas | Miztli | Todos los usuarios | Funciones de álgebra lineal densa, optimizadas para GPUs. |
Materials Studio | Química | Materiales | Miztli | Usuarios con licencia | Entorno de modelado y simulación en el área de materiales. Combina métodos tales como Mecánica Molecular (MM), Dinámica Molecular (DM), Mecánica Cuántica (QM) y modelado en mesoescala en un entorno fácil de usar. |
Matlab | Propósito general | Modelación | Xiuhcoatl | Usuarios con licencia | Herramienta para el desarrollo de modelos matemáticos/computacionales. |
MKL | Herramientas de programación | Bibliotecas numéricas | Miztli | Todos los usuarios | Bibliotecas con rutinas matemáticas optimizadas para procesadores Intel. Incluyen funciones de BLAS, LAPACK, ScaLAPACK, transformada de Fourier y operaciones con vectores. |
MPI Intel | Herramientas de programación | MPI | Miztli Yoltla |
Todos los usuarios | Intel MPI es una implementación de MPI basada en MPICH2. |
Mocat | Genómica | Metagenómica | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Herramientas para el análisis de bases de datos metagenómicas. |
Molpro | Química | Cuántica | Miztli | Usuarios con licencia | Programa para cálculos ab initio de estructuras moleculares. Es adecuado para realizar cálculos computacionales de alta precisión con un tratamiento extensivo del problema de la correlación electrónica, utilizando métodos con Iteración de Configuraciones (IC), Coplued Cluster (CC) y métodos relacionados. Utiliza métodos de correlación local que reducen considerablemente el aumento del costo computacional al aumentar el tamaño de la molécula. |
Mr. Bayes | Genómica | Filogenética | Miztli | Todos los usuarios | Estudios de filogenética y evolución mediante métodos bayesianos, cadenas de Markov y métodos Montecarlo. |
NAMD | Bioquímica | Dinámica molecular | Miztli Yoltla Xiuhcoatl |
Todos los usuarios | Código paralelo para dinámica molecular diseñado para simulaciones de alto rendimiento de grandes sistemas biomoleculares. Basado en objetos paralelos Charm++, NAMD escala a cientos de núcleos para un simulación típica y más de 200, 000 para simulaciones grandes. |
NCO | Geociencias | Ciencias atmosféricas | Miztli | Todos los usuarios | Conjunto de herramientas para la manipulación interactiva de conjuntos de archivos en diversos formatos comúnmente usados en predicciones climáticas. |
Newbler | Genómica | Alineamiento de secuencias | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Herramienta para el ensamblaje de secuencias de ADN. |
NWCHEM | Química | Cuántica | Miztli Yoltla Xiuhcoatl |
Todos los usuarios | Proporciona herramientas de química computacional que son escalables tanto en el tamaño de los sistemas químicos como en la cantidad de procesadores que pueden usarse. |
NetCDF | Herramientas de programación | Bibliotecas numéricas | Miztli | Todos los usuarios | NetCDF (network Common Data form) es un interfaz para acceso a datos y una colección de bibliotecas de software par C, Fortran, C++ y Perl que implementan la interfaz. NetCDF define un formato para la representación de datos científicos independiente de la máquina. Juntos, interfaz, bibliotecas y formato de datos, ayudan a la creación, acceso e intercambio de datos científicos. |
Octave | Propósito general | Modelación | Xiuhcoatl | Usuarios con licencia | Herramienta para el desarrollo de modelos matemáticos/computacionales. |
Onetep | Química | Cuántica | Yoltla | Usuarios con licencia | Cálculos de mecánica cuántica usando DFT, que escalan linealmente. |
Orca | Química | Cuántica | Miztli Yoltla Xiuhcoatl |
Usuarios con licencia | Herramientas para cálculos de química cuántica con énfasis en propiedades espectroscópicas de moléculas. |
Parallel-netcdf | Herramientas de programación | Bibliotecas para manejo de archivos | Miztli | Todos los usuarios | Implementación de I/O en paralelo de los formatos NetCDF 1 y 2. |
q-chem | Química | Cuántica | Miztli | Todos los usuarios | Cálculos ab initio para predicción de estructuras moleculares, reactividad y vibracionales. |
QIIME | Genómica | Microbiomas | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Herramienta para cálculos en diversas etapas del análisis de microbiomas. |
Quantum Espresso | Química | Estado sólido | Miztli Yoltla Xiuhcoatl |
Todos los usuarios | Es un conjunto de rutinas para cálculos de estructura electrónica y modelado de materiales a escala nanométrica. Está basada en la teoría funcional de la densidad, ondas planas y pseudopotenciales. |
RapidMiner | Propósito general | Análisis de datos | Xiuhcoatl | Usuarios con licencia | Herramientas para el análisis y procesamiento de datos. |
Schrodinger (jaguar, qsite, desmond) | Química | Materiales | Miztli | Usuarios con licencia | Conjunto de programas para estudio de materiales y fármacos mediante métodos QM/MM. |
SIESTA | Química | Materiales | Miztli Xiuhcoatl |
Todos los usuarios | Permite realizar cálculos de estructura electrónica y simulaciones de dinámica molecular ab initio de moléculas y sólidos. |
ThreeB | Imagenología | Microscopía | Miztli | Todos los usuarios | Software para microscopía 3B. |
TopHat | Genómica | Alineamiento de secuencias | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Alineamiento de secuencias de RNA contra genomas mamíferos. |
Totalview | Herramientas de programación | Depurador | Miztli | Todos los usuarios | Es un depurador altamente escalable que provee soluciones para una amplia variedad de aplicaciones; seriales, paralelas, multihebra y multiproceso. También contiene herramientas para análisis de memoria. |
Trimmomatic | Genómica | Análisis de secuencias | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Detección de “trimmings” en datos NGS. |
Turbomole | Química | Cuántica | Miztli | Usuarios con licencia | Es un paquete de aplicaciones de química cuántica para áreas diversas como la catásis homogénea y heterogénea, química orgánica e inorgánica, diversos tipos de espectroscopia y bioquímica, entre otros. |
VASP | Química | Cuántica | Yoltla | Usuarios con licencia | Modelado de materiales a escala atómica, así como cálculos ab initio de estructura electrónica y dinámica molecular. |
Velvet | Genómica | Ensamblaje de secuencias | Xiuhcoatl | Todos los usuarios | Ensamblaje de secuencias muy cortas. |
WIEN2K | Química | Cuántica | Miztli Yoltla |
Usuarios con licencia | Realiza cálculos de estructura electrónica de sólidos mediante el uso de teoría funcional de la densidad (DFT). Basado en el potencial-total (linealizado) aumentado onda plana ((L)PAW) + el método de orbitales locales (lo), uno de los esquemas más precisos para cálculos de estructuras banda. |
YAEHMOP | Química | Cuántica | Miztli | Todos los usuarios | Conjunto de programas para la realización de cálculos con HMO. |